Thuế nhà thầu của dự án đầu tư

Trong tháng 7/2009 Công ty em có thuê dịch vụ thiết kế của một doanh nghiệp bên Mỹ cho dự án Sân Golf - Đông Triều. Sau mỗi lần chuyển tiền bên em đều tính và kê khai thuế GTGT và thuế TNDN nộp hộ nhà thầu. Liên tục trong 3 tháng em đều tính và kê khai. Nhưng em kê thuế GTGT nộp hộ đó vào hàng hóa kinh doanh mà không kê vào dự án đầu tư. Cho em hỏi như vậy là đúng hay sai. Và nếu sai, trong tháng 11 này em điều chỉnh thì có bị phạt hay không ạ? Thuế GTGT của bên em vẫn đang được khấu trừ nếu có điều chỉnh. Em xin cảm ơn